Criada em 1973, com o objetivo de executar e coordenar a pesquisa agropecuária no Brasil, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa, em cooperação com outras instituições de pesquisa no âmbito federal e estadual, privado ou de caráter não governamental, vem desenvolvendo tecnologias para tornar mais eficiente o sistema produtivo do setor agropecuário e do agronegócio, aumentando a oferta de alimentos no País e preservando o meio ambiente.

O Centro Nacional de Pesquisa de Mandioca e Fruticultura é uma Unidade Descentralizada da Embrapa, na categoria de Centro de Referência de Produtos, diretamente subordinado ao Presidente da mesma. O Centro foi criado pela Deliberação nº 24, de 13 de junho de 1975, da Diretoria Executiva da Embrapa, com o objetivo de executar e coordenar pesquisas que aumentem a produção e a produtividade, melhorem a qualidade dos produtos, reduzam os custos de produção e viabilizem o aproveitamento de áreas ainda sub-utilizadas para mandioca, citros, banana, abacaxi, manga, mamão, maracujá e acerola.

O projeto de implantação da Unidade Embrapa Mandioca e Fruticultura, no qual constam o programa de pesquisa e as prioridades regionais, foi elaborado com ampla participação de especialistas de diferentes estados e instituições do País, sendo aprovado pela Diretoria Executiva da Embrapa em 19 de fevereiro de 1976, quando se iniciaram, efetivamente, os trabalhos da Unidade.

Viabilizar soluções de pesquisa, desenvolvimento e inovação para a sustentabilidade da agricultura, com foco em mandioca e fruteiras tropicais, em benefício da sociedade brasileira.

Ser reconhecida nacional e internacionalmente pela excelência em pesquisa, desenvolvimento e inovação na agricultura, com foco em mandioca e fruteiras tropicais.